С учетом поставленных задач построена организационная структура СВР Украины, которая включает оперативные, аналитические, технические, подразделения, научно-исследовательские учреждения, а также подразделения правового, кадрового, административно-хозяйственного обеспечения и прочие. Подготовкой и переподготовкой специалистов занимается Институт подготовки кадров внешней разведки Украины.

Общее руководство Службой внешней разведки осуществляет Президент Украины, который назначает Председателя СВР Украины.

СВР Украины взаимодействует с другими разведывательными органами Украины, органами государственной власти, учреждениями и организациями, правоохранительными органами. Установлены и поддерживаются официальные контакты с более ста спецслужбами других стран и Офисом безопасности НАТО. Усилению связей с такими международными организациями, как НАТО и Европейский Союз сегодня предоставляется важное значение. В частности, в рамках реализации программы интеграции Украины в ЕС СВР Украины принимает участие в осуществлении мероприятий в сферах борьбы с терроризмом, организованной преступностью, нелегальной миграцией, наркобизнесом, торговлей людьми.

Контроль за деятельностью СВР Украины осуществляется в пределах конституционных полномочий Президентом Украины, в том числе через Совет национальной безопасности и обороны Украины, и Верховной Радой Украины, контроль за использованием средств Государственного бюджета Украины на удержание СВР Украины - Счетной палатой Украины, надзор за соблюдением СВР Украины законов - Генеральным прокурором Украины и уполномоченными им прокурорами.

В современных условиях наряду с повседневной деятельностью продолжается процесс становления Службы внешней разведки Украины как самостоятельной структуры, законодательного обеспечения ее деятельности. Это предусматривает решение как на общегосударственном, так и на ведомственном уровне целого ряда проблем правового, экономического и организационного характера. Обретение СВР Украины статуса самостоятельного государственного органа и вывод ее с состава правоохранительного органа является одним из шагов по реформированию силовых структур Украины в соответствии с принципами демократического правового государства. Принимаемые организационные меры осуществляются в контексте общемировой тенденции к усилению роли разведки в системах обеспечения безопасности и радикального усовершенствования разведывательной деятельности. Система управления разведывательной деятельностью развивается в направлении создания таких механизмов, которые бы чувствительно реагировали на возникновение новых внешних угроз национальной безопасности государства. Серьезное внимание уделяется исключению возможности использования внешней разведки в целях, не предусмотренных законами Украины, и созданию условий, необходимых для осуществления эффективного демократического контроля за ее деятельностью.

Необходимость новых подходов к организации деятельности Службы внешней разведки обусловлена теми серьезными изменениями, которые происходили в последнее время в мире и Украине, в определении вероятных угроз в сфере национальной безопасности, а также развитием и усовершенствованием всей системы органов государственной власти и ликвидацией дублирования в работе ее составных. Кроме этого, усилия направляются на необходимость адаптации модели построения и деятельности СВР Украины к новым условиям, которые складываются в связи с реализацией курса государства на постепенную интеграцию в европейское и евроатлантическое пространство, укрепление сотрудничества в сфере региональной и глобальной безопасности с соседними и другими странами в национальных интересах Украины.